Debido al incremento de la demanda laboral, las propias comunidades buscaron alternativas de ingresos, y derivo en una naciente industria que se especializa en la transformación de materias primas disponibles en el Municipio.

De esta forma se ha venido consolidando la Industria Maderera, de la Carpintería y de la Piedra Natural.

La Industria Maderera se hace presente sobre todo en la comunidad de Agua Bendita, con la figura del aserradero de la Unión de Ejidos Forestales Emiliano Zapata y otros aserraderos de particulares, que siguiendo las reglas de los programas ambientales como el de Manejo Forestal Comunitario explotan los bosques (véase silvicultura).

Esta actividad circunscribe a los ejidatarios del Municipio de Amanalco, que figuran como los productores de árboles; los venden en pie y es el comprador quien se encarga de las actividades de derribo (con motosierra), extracción (con grúa) y traslado (con camiones troseros). Finalmente en el aserradero se realizan los cortes, almacenamiento o tratamiento bioquímico y moldeo. El producto final de esta actividad puede ser la fabricación de mobiliario, materiales de construcción o la obtención de celulosa para la fabricación de papel, entre otros derivados de la madera.

Aunque presente en diversas localidades del municipio, la Industria de la Carpintería se ha desplegado en la comunidad de San Mateo. Se dice que varios jóvenes que emigraron en la década de los 90´S aprendieron la carpintería, luego regresaron y se dedicaron a este oficio, y trasmitieron sus conocimientos a familiares y vecinos, así fueron surgiendo los talleres, que se organizaron en la cooperativa instituida como “Cadena Productiva de Silvicultores y Muebleros Otomíes de Amanalco SPR de RL”. En la actualidad existen aproximadamente 60 talleres de carpintería, y se han convertido en los mayores proveedores de muebles de Tultepec, Estado de México, arrojando una importante derrama económica para San Mateo, que evita en gran medida la emigración (por eso se amplia la red de energía eléctrica trifásica, fundamental para el adecuado funcionamiento de las maquinarias).

La Industria de la Piedra Natural, tiene un lugar especial en el comercio de los comuneros de la comunidad de San Miguel Tenextepec, quienes aprovechan el yacimiento pétreo de origen volcánico del sitio llamado El Pedregal. La piedra es extraída con maquinaria y se trasporta en camiones de volteo, comercializándose en la propia región.

También se hace presente la Industria Alimentaria, esencialmente para preparar alimentos básicos como tortilla y pan; así como la Industria Textil, que aunque en un nivel incipiente, se confeccionan vestiduras en talleres familiares.