Amanalco se ubica dentro de la provincia fisiográfica del Sistema Volcánico Transversal, en las subprovincias  “Mil Cumbres” en un 73.8%, y “Lagos y Volcanes de Anáhuac” en un 26.2%, en la primera prevalece el sistema de topoformas denominado “Lomerío de basalto con mesetas”, y en el segundo el de “Escudo volcanes aislados o en conjunto” en un 15.74%, y “Lomerío de basalto” en un 10.46%.

Estos lomeríos y sierras presentan un relieve accidentado, con pendientes que van de 0 a 80%, siendo los valores más frecuentes en el rango de 20 a 30%; ya que la región es cruzada de este a oeste por el sistema montañoso de la sierra del volcán Xinantecatl o Nevado de Toluca que se prolonga hasta la sierra Náhuatl Tarasca en Michoacán; donde coexisten valles, laderas, cañadas, colinas y montañas, estas ultimas con una altitud desde los 2,380 msnm hasta los 3,400 msnm.

El punto más alto se ubica en la cima del Cerro de los Órganos a 3,400 msnm, y el más bajo en el pueblo de Plan de Polvillos, San Bartolo, a 2,000 msnm., existiendo un desnivel en el territorio municipal de 1,400 metros.

Respecto a las elevaciones, en el mapa se marcaron las más emblemáticas, y es importante señalar que algunos no tienen nombre y se les denomino según el lugar de su ubicación, en tanto otros poseen más de uno y se utilizo el más popular; y también se señalaron las tres zonas geográficas reconocidas para la Cuenca Valle de Bravo - Amanalco: la Parte Baja, la Parte Media y la Parte Alta, fijados en la altitud, 2,200 msnm y menos para la primera, 2,200 a 3,000 msnm para la segunda y 3,000 y más para el tercero, y que responde a condiciones climáticas, hidrológicas, y a una biodiversidad propia.