Otros más se sumaron a grupos revolucionarios como los Zapatistas, de entre quienes destaco el Otomí Luís León Colín, oriundo del Rincón de Guadalupe, con la quimera de cambiar la subyugante realidad.

Vino el triunfo de la Revolución en 1911 y los opresores se agazaparon, asumiendo al poder los insurrectos; pero continúo el mismo escenario socioeconómico y la agitación política nacional desenlazó en la Decena Trágica en febrero de 1913, cuando Huerta mediante un golpe de estado tomó la presidencia de la República Mexicana y asesino a Madero. Entonces los viejos caciques de Amanalco resurgieron, y en revancha señalaron a los traidores ante los pelotones de soldados rurales, que los reclutaron violentamente a principios de 1914, argumentando que aquellos individuos por pretender sublevarse, ahora servirían a la nación ante la amenaza inminente de una intervención estadounidense. En represaría, los indígenas encabezados por León Luis Colín, aprehendieron y ejecutaron a los considerados enemigos comunes del pueblo: alcalde, recaudador de rentas y caciques (Fabila, 1946: 160- 165).

Para entonces la Revolución Mexicana ya había emprendido la batalla contra Huerta, avanzando en dos frentes definidos, por el norte el Ejército Constitucionalista de Carranza basado en el Plan de Guadalupe, y por el sur el Ejército Libertador de Zapata defendiendo el Plan de Ayala.

Con la derrota inminente, el Usurpador demitió en julio de 1914, y tomó la presidencia Venustiano Carranza. Sin embargo no fue reconocido por las facciones revolucionarias zapatistas, desatándose la lucha por el poder entre los carranzistas (carranclanes), y los zapatistas (pronunciados) por todo el centro del país.

Ante tal escenario, Amanalco se había convertido durante esta época en crucero de revolucionarios, por donde paso Limón el zapatista, Morales, Sámano, Ángeles el pelón, Genovevo de la O, Emiliano Zapata y con él los surianos, entre otros. Entonces el gobernador carranzista del Estado de México, Pascual Morales, a inicios de 1916 mando un regimiento federal permanente a la Cabecera Municipal para proteger a la población de tales incursiones y colaborar con la represión de los zapatistas.

El día 24 de marzo de 1916, los carranzistas atacaron los campamentos zapatistas ubicados en las montañas, como Capilla Vieja y Corral de Piedra. Pero los revolucionarios los hicieron retroceder hasta el Templo de San Jerónimo que usaban como cuartel, luego huyeron ante la ofensiva de los rebeldes encabezados por Carmen Esquivel, Patricio Castillo y Martín Linares; pero de manera equivocada creyeron que los amanalquenses eran seguidores de Carranza, entonces desataron su furia asesinando a la gente y destruyendo con fuego a la Villa de Amanalco de Becerra y pueblos cercanos, que quedaron despoblados y en cenizas. Sarcásticamente cientos de amanalquenses que pelearon durante siglos por la restitución de sus tierras, fueron asesinados a manos de rebeldes que luchaban por la misma causa (Fabila, 1946: 168 -169).

Suceso que provoco el éxodo de muchos de los sobrevivientes hacia Donato Guerra, Toluca, Valle de Bravo, Villa de Allende, Villa Victoria, y Zitácuaro; y afectó para siempre la ruta comercial Toluca – Tierras Costeras, efectuada vía Camino Real Toluca –Amanalco – Valle de Bravo, y de ahí hacia los Pueblos Abajeños y Costeños desde la época de la Colonia; siendo Amanalco y Valle de Bravo puntos estratégicos de mesones y comercios para los viajeros que transitaban las mercancías.

   Es importante mencionar que geográficamente el municipio esta inmerso en la denominada Cuenca Hidrológica Valle de Bravo –Amanalco, por tal motivo primero fue tributaria de agua del Sistema Hidroeléctrico Miguel Alemán de 1947 a 1971, y después del Sistema Cutzamala a partir de 1972 a la fecha.